離子交換樹脂在運行的過程中，如果發現顏色變深、樹脂交換容量不斷地下降、清洗水不斷的增加、出水水質變差、周期性制水量不斷下降等現象，可以認為樹脂受到污染。污染的原因主要有：
（1）有機物引起的污染
    有機物質在水中往往帶有負電，成為污染陰離子交換樹脂的主要物質。有機物主要是存在于天然水中的腐殖酸、膠團性的有機雜質、相對分子質量從500到5000的高分子化合物以及多元有機羧酸等，這些物質吸附在樹脂上，有的占據或者結合了樹脂的活性基因，有的使樹脂的強堿活性基因堿性降低而降解，使樹脂離子交換能力降低。這類污染從COD的監測中可以檢出。
（2）油脂引起的污染
    水中往往含有油類物質，形成膜狀物，堵塞或包裹了樹脂的微孔，阻礙樹脂微孔中的活性基團進行離子交換。
（3）懸浮物引起的污染
    水中的懸浮物質，緊裹著樹脂表面的液膜層，從而隔絕了樹脂的離子交換過程，使樹脂受到污染。這種污染以陽離子交換樹脂為多。
（4）膠體物質引起的污染
    水中膠體顆粒常帶負離子，使陰離子交換樹脂受到污染。膠體物質中以膠體硅對樹脂的危害很大，它吸附并在樹脂的表面上聚合，阻止樹脂進行離子交換。
（5）高價金屬離子引起的污染
    原水中的金屬離子（如混凝劑中高價金屬離子的后移等），如Al3+、Fe3+等擴散進入陽離子交換樹脂的內部，由于這些金屬離子的交換勢能高，與樹脂中的固定離子—SO3-牢固結合形成Al(SO3)3、Fe(SO3)3等，從而使這部分的固定離子失去作用，喪失了離子交換能力。
（6）再生劑不純引起的污染
    離子交換樹脂的再生劑不純往往混有許多雜質，尤其是苛性鈉（NaOH）中的雜質甚多，如Fe3+、NaCl、Na2CO3等，對陰離子交換樹脂的污染較為嚴重。
    此外，細菌、藻類以及水中含氮、氨基酸之類物質等也會不同程度地使樹脂受到污染。